در فضای مدرسه حقانی نیز جوّی به وجود آمده بود که «طلبه‌های مدرسه حقانی برخی طرفدار دو آتشه دکتر شریعتی بودند و برخی مخالف او. به تدریج این طرفداری و مخالفت به دعوایی داغ بدل شد که مدرسه را دو پاره کرد.
جدی‌ترین مخالف دکتر شریعتی در مدرسه حقانی، [آقای] مصباح یزدی بود. سخنرانی مصباح علیه شریعتی در سال ۵۴ در اصفهان جلسه‌ای پر تنش شد. مصباح از رگه‌های کفر و شرک در آثار شریعتی می‌گفت…. بهشتی بسیاری از انتقادهای مصباح از دکتر شریعتی، حداقل لحن و شدت بسیاری از آنها را نمی‌پسندید.» «برخی از فضلای قم مانند شهید حقانی هم به پیروی از آقای مصباح با آثار دکتر شریعتی مخالف بوده و از سوی دوستان انقلابی‌شان مورد انتقاد شدید بودند.»
شهید بهشتی در مورد اختلاف نظرش با آیت الله مصباح در مورد مطرح کردن بحث‌های نقدِ دکتر شریعتی در مدرسه حقانی می‌گوید: « من مکرر به جناب آقای مصباح هم گفته‌ام. گفته‌ام برادر عزیز، چرا این بحث‌هایی که احتیاج به رسیدگی بیشتر دارد باید این‌طور مطرح شود؟ به ایشان ده- پانزده روز قبل عرض کردم. گفتم آقا، بحث، بحث روش تربیتی مدرسه است. می‌گویم شما طلاب مدرسه نمی‌توانید با این اسلوب بار بیایید، وگرنه لااقل بنده نمی‌توانم در چنین مدرسه‌ای ذره‌ای در کارها سهیم باشم. مدرسه‌ای که بخواهد یک مشت انسان لجوج، پرخاشگرِ بی‌جا، متعصب تربیت کند که نتوانند با هم دو کلمه حرف بزنند چه ارزشی دارد؟ در این صورت چه خدمتی به اسلام و به حق کرده‌اند؟ به چه انگیزه‌ای؟
شرط اول خدمت در مدرسه این است که انسان منصف، اسلام انصاف‌آور، تشیّع انصاف‌آور، در مدرسه پا بگیرد. برخوردها باید منصفانه، منطقی، آرام، متین، روشنگر، امکان فکر گسترده دادن باشد. تحجر، تعصب، جمود، مطالب را زود در چارچوب‌های محدود آوردن و تاختن، هرگز نمی‌تواند آهنگ تربیت مدرسه باشد. اگر هست، بنده از این مدرسه نیستم. اگر چنین چیزی در مدرسه هست، رفقای ما اعلام بفرمایند که مدرسه حقانی رسالتش این است؛ مطمئن باشید آخرین دیدارمان با شما دوستان به عنوان مدرسه خواهد بود. ما می‌خواهیم انسان جست‌وجوگر بار بیاوریم؛ که در پی شناخت حق است.
موضع من در برابر دکتر شریعتی و کارهای او موضع بهره‌برداری صحیح است؛ نه لگدکوب کردن، نه لجن‌مال کردن و نه ستایش کردن و بالا بردن؛ بلکه حُسن استفاده از سرمایه‌ای در خدمت هدفی، با روشنگری بدون کمترین محافظه‌کاری برای تمام نقطه‌های ضعف او- که من در این زمینه تاکنون محافظه‌کاری نکرده‌ام و آن را روا نمی‌دارم…. به خود ایشان هم گفتم که دکتر اصولاً روشت خطاست؛ روشت نقص دارد؛ روشت را کامل کن….
من با صراحت به جناب آقای مصباح اعلام کردم، جناب آقای مصباح! اجمالاً به شما بگویم، من در برابر دکتر شریعتی نقد سالم خواهم داشت. چنان‌که داشته‌ام و بعد از این هم خواهم داشت. نیز نقد سازنده برای دیگران، و اگر خود او می‌بود تا حدودی که به او دسترسی داشتم، نقد سازنده برای خود او.»
